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nextflow | nf-core | 生物信息流程

开发技术 开发技术 1个月前 (05-14) 13次浏览

 

还是跟小孩一样,喜欢玩,尤其是这种搭积木的游戏,其实真的没什么技术含量。

但科研分析是反标准化的,如果你的paper只是pipeline出来的,那最多也就3分。

 

有必要搭建流程吗?

  • 就一批小数据,那就随便搞,没必要标准化流程
  • 经常拿到新data,那就可以考虑一下了,一键执行很快乐
  • 公司级别的业务,持续产出data,那就必须搭建一个高质量的流程

 

平常我们都是怎么写pipeline的?

  • 一个shell脚本串流程
  • BGI大公司的做法:拆分、标准化、API化

 

为什么写pipeline很耗时间?

 

https://www.nextflow.io/

 

作为researcher,pipeline这种东西,看懂别人的就行,真没必要耗费大部分精力去自己搭建和完善,除非你是真的想转行做技工了。

找到自己的定位,明确自己的科学问题,协助发现有意义的生物学规律,发paper,申请funding,冲刺顶刊,不要玩物丧志。

 


程序员灯塔
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